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发酵床的维护主要针对两个方面。一是维持发酵床正常的微生态平衡，使有益微生物菌群始终处于优势地位，抑制病原微生物的繁殖和疾病的发生，为牛的生长发育提供健康的生态环境；二是保证发酵床对牛粪和尿液的消化分解能力始终保持在较高水平，同时为牛的生长提供舒适的环境。发酵床的维护主要涉及透气性管理、水分调节、垫料补充、粪肥管理、补菌、垫料更新等。

1、垫层渗透性管理

长期保持基床适当的透气性，即始终保持基床内的含氧量在正常水平，是发酵床保持较高的分解粪便和尿液能力的关键因素之一，也是抑制病原微生物繁殖、减少疾病发生的重要手段。通常，简单的方法是经常转动衬垫，转动深度为25-35厘米。通常可以结合排便或补水的方式将垫料翻匀。此外，垫料每隔一次(50-60天)翻一次，垫料层上下混合均匀。

2.湿度调节

由于发酵床中床垫内水分的自然挥发，床垫的含水量会逐渐降低，但当床垫的含水量下降到一定水平时，微生物的繁殖就会受阻或停止。根据床垫的水分状况定期或及时补充水分，是保持床垫内微生物正常繁殖，维持床垫粪便和尿液分解能力的另一个关键因素。床垫的适宜含水量通常为38-45%，因季节或空气湿度不同而略有不同。加湿喷雾可以用常规方式补水。

3.粪便管理

由于牛具有粪便集中定点排泄的特点，在粪便集中的发酵床中会出现粪便分布不均匀的情况，湿度大，消化分解速度慢。只有将粪便撒在被褥上(即粪肥管理)并与被褥混合均匀，发酵床内的水分才能保持均匀，粪便和尿液才能在短时间内被消化分解。一般犊牛排便管理可2-3天一次，大牛1-2天一次。夏季应每天掩埋粪便，新鲜粪便应埋在20厘米以下，以免生蛆。如果牛粪集中在一起，应手动排空，粪便应撒在发酵床上，埋在稻草中。最好每天清洗一次，及时分解粪便。