目前，高校创新创业教育课堂教学存在的主要问题有：
(1)课程体系不完善。由于对创新创业教育缺乏深刻认识，有人认为高校推进创新创收教育是缓解大学生就业压力的权宜之计，也有人担心重视创新创业教育会降低办学水平。为此，我们对创新创业教育不够重视，没有集中精力对创新创业教育进行深入研究。没有相对成熟的理论框架和科学合理的教育分工，高校创新创业教育的课程安排是不合理的。有的高校只开设《大学生 职业辅导》课程，声称对大学生进行了创新创业教育。此外，课程内容缺乏创新，教师没有创新创业的实践经验，讲课时也跟着课本走，很难激发学生的学习。
(2)创新创业教育与专业教育没有有机融合。创新创业教育和专业教育被视为“两张皮”，没有好的“组合教学”。创新创业教育不是孤立的教育手段，而是一个综合的教育生态，需要融入专业教育，贯穿人才培养的全过程。创新创业教育是通识教育和专业教育的统一。要通过开设通识教育课程普及创新创业教育的理念、理论和知识，挖掘专业教育中的创新创业要素，在全过程激发和培养大学生的创新意识、创新精神和创业能力。没有某些学科领域的支撑和专业知识作为基础，创新创业教育的发展将成为无根之源，难以有针对性地培养学生，无法吸引大学生的关注和参与。
(3)创新创业教育课程师资极度匮乏。创新创业教育课程对教师的要求很高，除了要有创新创业教育的理论知识外，还要有丰富的社会经验和创业经验。但目前高校创新创业教育课程的教师基本都是助教和思政老师，大部分基本都是从校门走到校门。他们没有实践经验和创新创业的经验，所以教学只能专注于灌输知识，学生学起来很枯燥。这种形式主义的创新创业教育培养出来的学生，创业很难成功。
课堂教学是高校创新创业教育的主渠道。将创新创业教育纳入教学计划，与大学生专业教育、思想政治教育共同重视、共同谋划。不断完善创新创业教育课程体系，统筹安排课表、内容和课时数量，控制教学质量，确保创新创业教育课堂教学内容科学、操作管理规范，确保教学质量。
