1.基本原则
(1)免税原则
财务分析以现行会计制度和税收法律法规为基础，因此财务分析基础数据的估算应遵循会计制度和税收法律法规的相关规定。但由于财务分析的特殊性，——预测数据不能完全符合会计制度和税收法律法规的规定，应允许其在不影响利润的情况下适当简化合并财务报表。当会计制度与税收法律法规相冲突时，为了合理估计税收，应根据免税原则计算相关基础数据，并编制财务报表。
(2)-实施原则
为了正确评价项目的盈利能力，必须遵循成本与收益计算范围一致的原则，这也是会计制度的重要原则。如果一个单位项目包含在投资估算中，那么该单位项目的效益和成本必须包含在效益和成本估算中，否则效益将被低估或高估。一致性原则还包括用于效益和成本估算的价格体系应保持一致。
(3)是否有对比原则。
比较与否的原则是成本效益识别的基本原则。特别是在改扩建项目中，属于原企业成本效益的项目和属于新建项目成本效益的项目，通常采用有无比较的原则进行认定。所谓“是”，是指新项目实施后的未来经营状况；“无”是指不实施新项目的未来经营状况。是否有比较，是同一时间点的增量收益和成本。不同于前后对比，是指项目实施后未来运营状况与现状的对比。比如交通项目，在没有新项目的时候，交通流量也会随着经济的发展而变化。随着新项目的实施，交通环境的改善可能会引发新的交通流。
(4)动态分析与静态分析相结合、动态分析为主的原则。
根据时间价值原理，资本会随着时间的推移而增值。项目占用的资金也不例外，还有时间价值。因此，在投资项目的财务分析中，只有考虑资金时间价值的分析——动态分析才是科学的分析。由于不考虑时间值的静态分析计算简单，因此经常被使用。因此，财务评价应遵循动态分析与静态分析相结合、注重动态分析的原则。
(5)定量分析与定性分析相结合，以固定子分析为主的原则。
投资项目的财务分析是项目决策的重要依据之一。由于投资项目的不可逆性和建设周期长，建设过程中涉及众多利益相关方，影响项目正常建设和运营的因素很多。完整的定量分析不能涵盖所有因素。因此，必须将定量分析和定性分析相结合，正确分析项目建设的影响。定量分析可以保证决策的科学性。
2.方法系统
(1)基础数据的估计采用是否比较的方法。
(2)评价指标的计算以考虑资金时间价值的现金流分析为基础，辅以反映财务状况的指标。
(3)最佳方案的选择应基于方案之间的关系。
